Dimanche 27 septembre 2009
Donc, nous voici dans le premier billet (le 0 du titre ;o) ) de ce "guide" appelé soyeusement Retro-man. Oki, le
"soyeusement" est ptet de trop... L'idée est de donner un contexte à une commande qu'on ne connaît pas. Je ne vais pas récrire le man, donc très souvent il y aura des phrases genre "Pour les
options, faire man nom-commande" :p
Aujourd'hui, on va apprendre comment on demande dans notre console où on est dans l'arborescence et comment on s'y déplace. Je passe sur les histoires de structure arborescente propre à
GNU/Linux, si vous avez quelques problèmes avec ça, un tour sur Google ou Exalead vous en dira tant :o)
Donc : où suis-je dans l'arborescence ? En bash, cette question se pose en écrivant pwd après le signe dollar ($) :
rogue@yersinia-desktop:~$ pwd
/home/rogue
rogue@yersinia-desktop:~$
(oui, je sais, rogue ce n'est pas très soyeux, Yersinia comme Yersinia pestis l'est encore moins.)
Donc, je suis dans mon dossier personnel. Le sigle pwd veut en fait dire Print name of Working Directory.
Après, on peut vouloir aller voir le Bureau (ou Desktop). Pour ça, on utilise cd (Change
Directory) :
rogue@yersinia-desktop:~$ cd
Desktop
rogue@yersinia-desktop:~$ pwd
/home/rogue/Desktop
Et voilà :o)
Je m'en va finir mon bouquin maintenant.
Par MaliciaR
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Dimanche 27 septembre 2009
I'm back. At least, it seems so.
Donc, résumons. Après un affreux xtage de M2R (Master 2 Recherche, pour les non intimes :p ), j'ai fui la France de la recherche et me suis retrouvée
chez les Teutons, à Munich. C'est cool, ici, ça picole de la bière comme n boit de l'eau, donc il y en a plein qui sont fort ventripotents :o) M'enfin, j'ai eu le chic de me trouver un appart en
colloc dans le quartier le plus demandé de la ville et c'est assez cher, mais pour l'instant c'est ok. Je devrais juste me mettre au Chleu.
Passons sur les détails quotidiens peu intéressants. Si je suis de retour, c'est parce que j'ai eu plein d'idées. (Faut d'ailleurs que je me dépêche
de finir ce billet : je suis en train de finir la mise à jour de mon Ubuntu et faut que je redémarre.) Donc, l'une des idées que j'ai eues (géniales, évidemment, comme tout ce qui est le fruit de
mes trois superneurones) est de faire une sorte de man à l'invers. En langue normale, cela voudrait dire que je publierais (plus ou moins régulièrement) des billets qui sont du type "man
je-veux-faire-ça" et non pas le classique difficile pour un noob "man nom-commande". Parce que, et je sais que nous sommes nombreux dans ce cas, c'est cool le RTFM. Mais si on ne connaît pas le
nom de la commande, on fait comment ?
Donc, voilà, je sais qu'un pitit guide du genre m'a beaucoup manqué à mes débuts linuxiens difficiles. Et j'ai pris la décision de me geekéfier au
possible. Pour commencer : apprendre à faire le plus de trucs que je fais actuellement en graphique, via la console. Euh, sauf aller sur le net en framebuffer via emacs. Tout a des limites. Et je
préfère Vimperator :D
My system needs to be rebooted. See you soonish.
Par MaliciaR
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On est tous occupés à remarquer les gesticulations maladroites du gouvernement Nain-de-jardin et j'ai l'impression
qu'on ne remarque certains agissements effarants. Je parle de la remise en taule de Jean-Marc Rouillan, le co-fondateur d'Action Directe. Entendons nous bien, je suis pacifiste et je ne défends
pas bec et ongles les assassinats pour lesquels ce gars et ses potes ont été condamnés même si je comprends leurs motivations désespérées. Ce n'est pas le propos de toute
manière.
Le titre de ce billet est éponyme d'un livre de Michel Foucault, où on trouve notamment une phrase excellente : "Beau
comme une prison qui brûle". Vous l'aurez compris : je trouve que le système pénitentiaire tel que l'on le connaît est une abomination totale.
Pourquoi parler du gars d'Action Directe dans tout ça? Beh parce que ce mec a fait le pire, on dira : il a organisé
froidement et soigneusement l'assassinat d'un autre homme. Soit. Mais est-ce pour autant qu'il faut le traiter de cette façon? On oublie très souvent d'être humains et on oublie que l'autre état
est... inhumain. Il a été condamné à perpétuité. Il a fait ses 18 ans de peine de sureté, comme on dit. Pourquoi cette fascination morbide devant le pouvoir que l'on peut avoir sur d'autres de
notre espèce :
* enfermement et isolement continu pendant des années;
* interdiction totale d'accès aux livres, CD, etc. d'extérieur;
* toutes les lettres sont lues et corrigées par les matons;
* permissions de visite accordées extrêmement difficilement même aux membres de la famille;
* jugé (avec ses complices) par une assise de magistrats, donc en absence de jurés populaires : c'est la loi de 1986
dite "antiterroriste"...
* la loi relative à la lutte contre le terrorisme et portant dispositions diverses relatives à la sécurité et aux
contrôles frontaliers de 2006 contient un article qui donne les pleins pouvoirs à l'état français de retenir les incarcérés ad vitam aeternam...
Qu'on ne s'étonne pas que toutes les demandes de liberté conditionnelle de ces retenus ont été
rejetées...
C'est marrant, mais le traitement réservé à ces prisonniers spéciaux me fait penser au "Joueur d'échecs" de Zweig. Là,
c'est un traitement très semblable infligé par les nazis... Parlant des nazis, je crois qu'on a oublié la tentative d'incarcérer tous les dignitaires nazis sans procès, autrement dit, de punir
directement et de façon "extraordinaire" (par opposition à ordinaire). Ce qui est aussi faire appel à l'inhumain : oui, ils ont sévi, oui, ils ont été des monstres abjects, ... et alors? Pas
droit à un traitement légal tel que préconisé par notre jurisprudence d'humains regardant avec horreur et condescendance ceux qu'on condamne...? On a oublié les Lumières ou on les considère comme
de pauvres avortons? Pour avoir oublié Voltaire : "Je ne suis pas d'accord avec ce que vous dites, mais je me battrai pour que vous puissiez le dire".
C'est un truc qui me turlupine depuis un moment et c'est le pitit billet de Michel Onfray dans Siné Hebdo de
cette semaine qui m'a bouleversé et qui a remis les choses sur le tapis. Notamment par la phrase de fin : "Qu'on lui [à Jean-Marc Rouillan] donne donc plein et entier usage de sa liberté, y
compris pour en faire un mauvais usage, car c'est à la tolérance du mauvais usage de la liberté qu'on mesure son degré d'existence et son étendue."
Bon, la prose de ce matin n'est pas super joyeuse. Mais... comment ne pas en parler?
Par MaliciaR
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Dimanche 14 septembre 2008
Ugh, c'est maaaal. Je n'ai rien raconté depuis presque un mois, comme certaines bonnes âmes qui se reconnaîtront me l'ont gentiment rappelé
:p
Le truc est que j'ai plein de trucs à dire... comme d'hab, quoi, je crois que l'ordre de la-sainte-machin-truc-bidule-chouette-babillarde ne
serait pas mécontent de me compter dans ses rangs. 'Fin, en même temps, ordre... C'est une chose très spéciale, l'ordre. C'est quoi, l'ordre? C'est une organisation intelligible, une
classification satisfaisant certaines conditions préalablement définies. Je veux bien pour la deuxième partie, c'est plus large et flexible comme idée. Mais la première? Qu'est-ce qu'un ordre
donné par une personne à une autre a à voir avec une organisation intelligible? En quoi un ordre religieux est une organisation intelligible? C'est mon cognitif qui déconne ou j'ai vraiment
très peu d'imagination?
Passons. J'ai reçu ma carte d'électeur aux prud'hommales. C'est marrant comme coïncidence : une personne très spéciale m'a parlé du vote très
récemment et là, j'ai une carte d'électeur... Bon, les quelques connexions nerveuses qui me restent après la tarte aux myrtilles ont commencé à s'agiter. Autrement dit, j'ai cogité. C'est
'achement cool d'avoir droit de voter. Mais j'irai tout de même pas. Parce que... Beh parce que je refuse finalement de déléguer quelqu'un à me représenter. Est-ce que le vote est un véritable
exercice de pouvoir citoyen...? Ou signe de magnanimité politique...? Dans le sens où aucun humain ne peut remplacer un autre. Par conséquent, aucun humain ne peut déléguer un autre à le
représenter : on ne peut pas réfléchir et prendre la décision à la place de quelqu'un! Oui, je sais, c'est utopiste, en pratique c'est même pas faisable et tout cha, et tout cha... I can dream,
but not that I'm someone else. Conclusion? J'en sais rien, je n'arrive pas à savoir quelle est l'action la plus intelligente et sensée à entreprendre... Ha, oui, parlant des prud'hommes : je suis
la star de l'Huma Dimanche :p Je signe les autographes demain entre 15h00 et 15h04, j'ai un agenda rempli *se pavanne et se gonfle affreusement*
Ok, ok, je m'en va me coucher :o)
Par MaliciaR
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What was I waiting for
Waiting for the bubble to burst
Over your stagnant pauses
Can't cure what your devil don't see
Or light a fire below the death of me
We've shot through all over our causes
Days spin through my heart
That sever the love
Kill all the pain with shame
I shall not be lost without you
I've found a way to get through
Now I am up and running
Strong enough to walk away
And leave you all alone
I shall not be lost without you
What were you waiting for
Waiting for the straw to break
Over the back of desperate ways
You were a dream to me
Now you're nothing but a heart
that bleeds
I'll wash you off and carry on
And when I see you
I find another reason
To keep myself from getting lost in you
Par MaliciaR
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Quand on a du temps à perdre... En fait, non! En tant que procrastinateur professionnel, je ne perds jamais de temps! Je ne fais que des
choses diverses qui, elles, prennent du temps :o)
Brefouille.
Voilà quelques captures du bureau que j'aime tant :o) Ubuntu Hardy Héron 8.04, GNOME... Tout ce qu'il faut pour me rendre heureuse
:p
Ca, c'est le bureau quand il n'y a rien dessus (ce n'est pas le cas naturellement :o) ) :
(j'aime cette image!)
Ca, c'est quand j'apprends à programmer :o)
J'adore la manière dont les fenêtres bougent! Comme un truc élastico-gommeux :o)
Et les deux dernières :
* celle-là pour que je puisse me vanter comment tout est bien rangé dans des pitits dossiers et toussa (bon, faut pas ouvrir les dossiers,
hein : c'est bourrés de sous-dossiers "A ranger", "A classer", pff :p )
* celle-là c'est une citation du Poisson Wanda (le pitit poisson dans son bocal rectangulaire qui nageotte en plein milieu de la barre
horizontale du haut, il est plein de blagues nulles et toujours prêt à me sortir une citation de Shakespear ou Mark Twain :o) Deux raisons pour que je l'aime :o) ):
Puisqu'on ne voit rien... Voici ce que m'a sorti Wanda :
The bone-chilling scream split the warm summer night in two, the first half being before the scream when it was fairly balmy and calm and
pleasant, the second half still balmy and quite pleasant for those who hadn't heard the scream at all, but not calm or balmy or even very nice for those who did hear the scream, discounting the
little period of time during the actual scream itself when your ears might have been hearing it, but your brain wasn't reacting yet to
let you know.
Winning Sentence, 1986 Bulwer-Lytton bad fiction contest
That's all, folks! :o)
Par MaliciaR
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Avec Wake up de Rage Against the Machine, pas moyen de rester sur place... :o) Alors, je fais chauffer les quelques neurones courageux
trainant dans ma tête :o)
Il s'agit du phénomène évolutif de transfert de gènes entre espèces différentes; on le nommera H/LGT (Horizontal/Lateral Gene
Tranfer). Il peut avoir lieu autant entre espèces batériennes différentes qu'entre espèces bactériennes et espèces d'Archaea (donc, aus sein du règne Procaryote), mais également entre
Procaryotes et Eucaryotes. Ce dernier est souvent sujet à controverse : d'un côté, l'idée du HGT pose quelques questions (avec des réponses intéressantes ;o) ) à la vision traditionnelle de
l'évolution arborescente et à l'un des piliers de la théorie Darwinienne qui est l'isolement reproducteur des espèces. D'un autre côté, le HGT est difficilement mis en évidence de façon non
ambigüe...
Avant l'avènement de l'ère génomique, le HGT était considéré comme un évènement (très) rare; les seuls cas où le transfert de gènes était clairement reconnu et accepté étaient ceux de flux de
gènes des mitochondries et plastes vers le noyau des cellules eucaryotes. Une des premières choses qui a mis la puce à l'oreille était sans doute l'analyse de portions de génome d'E. coli
au sein duquel 15% des gènes présentaient une déviation significative dans l'usage des codons, comparativement au biais du génome entier. De plus, certains de ces gènes montraient des
ressemblances claires avec des gènes de bactériophages. L'hypothèse d'une acquisition horisontale a donc été proposée.
Donc, avec les nouveaux génomes procaryotes séquencés et disponibles, on s'est rendu compte qu'il ne pouvait pas y avoir d'explication évolutiive valable prenant en compte uniquement la
descendance verticale. Oui, il y a beaucoup de pertes de gènes (notamment chez les parasites), mais le HGT est l'autre facteur évolutif majeur pouvant expliquer la complexité génomique chez les
Procaryotes. Si l'on pense aux Archaea, par exemple, on voit un exemple particulièrement frappant de HGT.
Ces découvertes soulèvent une autre question : nature opportuniste vs adaptative des HGT.
(to be continued, je vais au dodo :p )
Par MaliciaR
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Je vais commencer par introduire certaines notions pas forcément connues par tout le monde, pour finir avec le complexe d'origine de
réplication. Les détails vous seront épargnées, je peux fouiller pour les papiers si ça intéresse particulièrement quelqu'un.
Il existe une séquence origine de réplication assez conservée chez les Procaryotes, on sait assez bien la reconnaître et donc on peut savoir
que la réplication bactérienne débutera à cet endroit et pas ailleurs. Les études concernant la réplication chez les Eucaryotes ont été pas mal menées chez S. cerevisiae.
D'abord, on s'intéresse au contrôle de la réplication de l'ADN chez kes Eucaryotes. S. cerevisiae est l'organisme modèle dans ce
cas.
On a construit le plasmide suivant : ORIcolE1, gène conférant résistance à l'Amp, gène de sélection chez les Levures
(ura3+), en insert = fragment d'ADN génomique de S. cerevisiae. On a procédé à une transformation des cellules de S. cerevisiae [ura- ] par cette
construction. Il y a deux cas possibles : soit le plasmide contient une origine de réplication reconnue par la machinerie de la Levure et dans ce cas on aura une prolifération des cellules
l'ayant, soit le plasmide n'en contient pas et les cellules ne survivront pas.
Il se trouve que certains clones transformés de la sorte ont proliféré : les plasmides par lequels ils ont été transformés portent donc des
séquences permettant la réplication des plasmides, sans intégration dans le génome.
On a découvert ainsi chez S. cerevisiae des séquences que l'on a appelées ARS (Autonomously Replicating Sequences) : ce sont des
séquences d'ADN chromosomique permettant la réplication de l'ADN extrachromosomique sans qu'il soit intégré dans le génome.
La question qui s'est posée est : l'ARS est-elle une origine de réplication?
On a fait des cartographies des origines et on a déterminé des topologies différentes selon que la séquence possède ou pas une origine : bulle
(la séquence possède une origine), forme en Y (la région est parcourue par une fourche de réplication), forme en X (régions contenant des terminaisons de réplication).
En s'appuyant sur ces informations, on a démontré ces topologies au niveau des ARS portées par différents plasmides (Brewer et al., Cell,
1987) et on a établi que les ARS sont bien des origines de réplication. (Je passe très vite ici pour deux raisons : 1. ce n'est pas le propos; et 2. je ne me souviens plus de tous les détails
).
Ensuite, l'étude a été étendue au niveau du génome et ce in situ (Friedman et al., Genes to cells, 1997). Dans cette dernière étude
portant sur plusieurs ARS identifiées sur le chromosome VI, on a vu que chaque ARS possède une activité différente au niveau du chromosome. Par l'utilisation de puces et l'tude (toujours) du
chromosome VI, il a été démontré que chaque ARS possède un temps de réplication différent (càd qu'il y a des origines précoces et des origines tardives); dans la même étude, on a aussi montré que
la distance entre les origines actives et les efficacités de ces origines sont variables (Raghuraman et al., Science, 2001).
On a fait plein de choses sur ces ARS, on les a étudiées en long, en large et à travers. On en connaît un certain nombre de choses
:
*Il existe une séquence ACS = ARS Consensus Sequence (11 pb); on l'appelle A-box et c'est le site de liaison du complexe d'initiation de la
réplication (ORC);
*B-box (100 pb) : il y en a 3; fonctions diverses.
Puisque chez S. cerevisiae les études ont donné des choses intéressantes, on restera dessus 
Voici donc le modèle de l'initiation de la réplication de l'ADN.
On parle du complexe ORC (Origin Recognition Complex). Celui-ci est composé de 6 protéines (Orc1 à 6), assurant la liaison avec la boîte A. En
G1, ORC est "posé" sur l'origine; à lui sont liés différentes protéines : Cdc6 et Cdt1, lesquelles assurent le recrutment d'autres protéines appelées Mcm (Mcm2 à 7). Tout ce beau monde tape la
discute au niveau de la boïte A d'une origine pendant G1 donc.
A la transition G1/S, les complexes à activité kinasique Cdc28/Cln et Cdc7/Dbf4 phosphorylent les protéines Mcm. Cela implique un changement
de conformation de ce complexe et les protéines Mcm3, Mcm4 et Mcm7 se trouvent une vocation d'hélicase. La protéine Cdc45 est recrutée avec des protéines de la machinerie d'élongation. On passe
donc en phase S et la réplication a lieu.
Ce qui est important de retenir avec ce complexe ORC est aussi le fait qu'il est présent sur les boïtes A durant toute la durée du cycle
cellulaire. Cela a été démontré avec des blocages différents (Nocodazole et facteur alpha) : il existe 2 types d'ORC, l'un post-réplicatif (observé avec le blocage avec le Nocodazole, présent
durant G2/M) et l'autre pré-réplicatif (observé suite au blocage par le facteur alpha, présent durant G1).
Il se passe alors des transitions : la première étant de complexe pré-réplicatif vers post-réplicatif (en G1/S), la deuxième – du post- au
pré-réplicatif à peu près au moment anaphase->télophase (en gros, G2/M).
J'avais fait ce résumé dans le cadre d'une discussion sur le forum scientifique de Futura-Sciences. Donc, ne pas s'étonner si vous le retrouvez là aussi ;o)
Par MaliciaR
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